De ChristenUnie is ontstaan als samenwerking tussen twee landelijke politieke partijen, de Gereformeerd Politieke Vereniging (GPV) en de Reformatorische Politieke Federatie (RPF). Beide partijen hadden hun aanhang vooral in de protestantse reformatorische/gereformeerde kerken.In het begin van het laatste decennium van de 20e eeuw werd gezocht naar samenwerking. Dat resulteerde in het jaar 2000 tot gebruik van de naam ChristenUnie in landelijke en lokale fracties; de partijen fuseerden formeel in 2001.In Zaanstad deden de plaatselijke verenigingen van RPF en GPV in 1990 ieder zelfstandig mee aan de gemeenteraadsverkiezingen, zonder succes. In 1994 was er een gezamenlijke lijst GPV/RPF; die haalde net geen restzetel. In 1998 lukte die restzetel wel, zodat de combinatie voor het eerst in de gemeenteraad kwam. In 2000 werd de naam van de raadsfractie net als in de Tweede Kamer gewijzigd in ChristenUnie.

Bij de Zaanse verkiezingen van 2002 werd een volle zetel gehaald. In het najaar van 2004 verliet de fractievoorzitter Egbert Boerma na ruim zes jaar de raad. Hij werd opgevolgd door Ed Anker, die ook in 2006 lijsttrekker werd. Het aantal stemmers bleef groeien. Bij de Kamerverkiezingen van 2007 verdween Anker naar de Tweede Kamer. De vrijgekomen raadszetel in Zaanstad werd ingenomen door Christa Neefjes. Vanwege veel andere taken nam Rita Visscher in 2009 de rol van raadslid over en Neefjes werd weer steunfractielid. Visscher werd lijsttrekker in 2010 en fractievoorzitter evenals in 2014; de ChristenUnie haalde toen een tweede raadszetel.

Bij de collegevorming van 2014 kwam de ChristenUnie in de persoon van Rita Visscher voor het eerst in het College van de gemeente Zaanstad.